Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers
Emmanuelle Le Chatelier
(1)
,
Trine Nielsen
(2)
,
Junjie Qin
(3)
,
Edi Prifti
(1)
,
Falk Hildebrand
(4, 5)
,
Gwen Falony
(4, 5)
,
Mathieu Almeida
(1)
,
Manimozhiyan Arumugam
(2, 3)
,
Jean-Michel Batto
(1)
,
Sean Kennedy
(1)
,
Pierre Léonard
(1)
,
Junhua Li
(3, 6)
,
Kristoffer Burgdorf
(2)
,
Niels Grarup
(2)
,
Torben Jørgensen
(7, 8, 9)
,
Ivan Brandslund
(10, 11)
,
Henrik Bjørn Nielsen
(12)
,
Agnieszka S. Juncker
(12)
,
Marcelo Bertalan
(12)
,
Florence Levenez
(1)
,
Nicolas Pons
(1)
,
Simon Rasmussen
(12)
,
Shinichi Sunagawa
,
Julien Tap
(1)
,
Sebastian Tims
(13)
,
Erwin G. Zoetendal
(13)
,
Søren Brunak
(12)
,
Karine Clément
(14, 15, 16)
,
Joel Dore
(17, 1)
,
Michiel Kleerebezem
(13)
,
Karsten Kristiansen
(18)
,
Pierre Renault
(17)
,
Thomas Sicheritz-Ponten
(12)
,
Willem M. de Vos
(13, 19)
,
Jean-Daniel Zucker
(14, 15, 20)
,
Jeroen Raes
(4, 5)
,
Torben Hansen
(2, 21)
,
Peer Bork
,
Jun Wang
(3, 2, 22, 23)
,
Stanislav Ehrlich
(1)
,
Oluf Pedersen
(2, 24, 25)
,
Eric Guédon
(17)
,
Christine Delorme
(17)
,
Séverine Layec
(17)
,
Ghalia Kaci
(17)
,
Maarten van de Guchte
(17)
,
Gaetana Vandemeulebrouck
(17)
,
Alexandre Jamet
(17)
,
Rozenn Dervyn
(17)
,
Nicolas Sanchez
(17)
,
Emmanuelle Maguin
(26)
,
Florence Haimet
(1)
,
Yohanan Winogradsky
(17)
,
Antonietta Cultrone
(17)
,
Marion Leclerc
(17)
,
Catherine Juste
(17)
,
Herve Blottiere
(17)
1
MetaGenoPolis
2 CBMR - Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research
3 BGI - Beijing Genomics Institute [Shenzhen]
4 Department of Structural Biology
5 Department of Bioscience Engineering
6 School of Bioscience and Biotechnology
7 RCPH - Research Centre for Prevention and Health
8 Faculty of Health and Medical Sciences
9 Faculty of Medicine, Institute of Public Health
10 Department of Clinical Biochemistry
11 Institute of Regional Health Research
12 Center for Biological Sequence Analysis & Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability
13 Laboratory of Microbiology
14 U872 Centre de Recherche des Cordeliers, Nutriomique, Équipe 7
15 UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6
16 CRNH-RA - Centre de Recherche en Nutrition Humaine Rhône-Alpes
17 MICALIS - MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé
18 Department of Biology [Copenhagen]
19 Department of Bacteriology and Immunology [Helsinki]
20 UMMISCO - Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy]
21 Faculty of Health Sciences
22 King Abdulaziz University
23 Center for Sequencing
24 Hagedorn Research Institute
25 Faculty of Health
26 MICA - Département Microbiologie et Chaîne Alimentaire
2 CBMR - Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research
3 BGI - Beijing Genomics Institute [Shenzhen]
4 Department of Structural Biology
5 Department of Bioscience Engineering
6 School of Bioscience and Biotechnology
7 RCPH - Research Centre for Prevention and Health
8 Faculty of Health and Medical Sciences
9 Faculty of Medicine, Institute of Public Health
10 Department of Clinical Biochemistry
11 Institute of Regional Health Research
12 Center for Biological Sequence Analysis & Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability
13 Laboratory of Microbiology
14 U872 Centre de Recherche des Cordeliers, Nutriomique, Équipe 7
15 UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6
16 CRNH-RA - Centre de Recherche en Nutrition Humaine Rhône-Alpes
17 MICALIS - MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé
18 Department of Biology [Copenhagen]
19 Department of Bacteriology and Immunology [Helsinki]
20 UMMISCO - Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy]
21 Faculty of Health Sciences
22 King Abdulaziz University
23 Center for Sequencing
24 Hagedorn Research Institute
25 Faculty of Health
26 MICA - Département Microbiologie et Chaîne Alimentaire
Emmanuelle Le Chatelier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 737756
- IdHAL : emmanuelle-le-chatelier
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Trine Nielsen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 770024
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Edi Prifti
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : edi-prifti
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Manimozhiyan Arumugam
- Fonction : Auteur
- PersonId : 770023
- ORCID : 0000-0002-0886-9101
Junhua Li
- Fonction : Auteur
- PersonId : 770145
- ORCID : 0000-0001-6784-1873
Shinichi Sunagawa
- Fonction : Auteur
Julien Tap
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1172956
- IdHAL : julien-tap
- ORCID : 0000-0001-8998-5413
Karine Clément
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756892
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Karsten Kristiansen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757952
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Jean-Daniel Zucker
- Fonction : Auteur
- PersonId : 9387
- IdHAL : jean-daniel-zucker
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- IdRef : 070019495
Torben Hansen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758676
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Peer Bork
- Fonction : Auteur
Jun Wang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 881572
Oluf Pedersen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1070332
Eric Guédon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 743950
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Christine Delorme
- Fonction : Auteur
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Séverine Layec
- Fonction : Auteur
- PersonId : 754110
- IdHAL : severine-layec
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Maarten van de Guchte
- Fonction : Auteur
- PersonId : 735862
- IdHAL : maarten-van-de-guchte
- ORCID : 0000-0002-5980-4631
Gaetana Vandemeulebrouck
- Fonction : Auteur
- PersonId : 969463
Alexandre Jamet
- Fonction : Auteur
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Emmanuelle Maguin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 751613
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Marion Leclerc
- Fonction : Auteur
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Herve Blottiere
- Fonction : Auteur
- PersonId : 747227
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- IdRef : 076955648
Résumé
We are facing a global metabolic health crisis provoked by an obesity epidemic. Here we report the human gut microbial composition in a population sample of 123 non-obese and 169 obese Danish individuals. We find two groups of individuals that differ by the number of gut microbial genes and thus gut bacterial richness. They contain known and previously unknown bacterial species at different proportions; individuals with a low bacterial richness (23% of the population) are characterized by more marked overall adiposity, insulin resistance and dyslipidaemia and a more pronounced inflammatory phenotype when compared with high bacterial richness individuals. The obese individuals among the lower bacterial richness group also gain more weight over time. Only a few bacterial species are sufficient to distinguish between individuals with high and low bacterial richness, and even between lean and obese participants. Our classifications based on variation in the gut microbiome identify subsets of individuals in the general white adult population who may be at increased risk of progressing to adiposity-associated co-morbidities.
Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
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